Ecosystem

How the group’s public sites, internal tools, templates, and teaching material fit together

← Home

GitHub

WebPages

https://ecosystem.patoloji.dev/

https://ecosystem.patoloji.dev/

HistomicsUI Documentation: https://digitalslidearchive.github.io/HistomicsUI/

DSA Documentation: https://digitalslidearchive.github.io/digital_slide_archive/

https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsTK

https://github.com/DigitalSlideArchive/HistomicsUI

https://github.com/DigitalSlideArchive/digital_slide_archive

https://www.openmicroscopy.org/

https://camicroscope.org/

https://www.kitware.com/digital-slide-archive-large-image-and-histomicstk-open-source-informatics-tools-for-management-visualization-and-analysis-of-digital-histopathology-data/

AI-Assisted Annotation of Medical Images using MONAI Label on AWS https://aws.amazon.com/tr/blogs/industries/ai-assisted-annotation-of-medical-images-using-monai-label-on-aws/

https://github.com/sbalci/imagebank bunu da zamanında eğlencesine claude’ye yaptırmıştım. github hesabınız varsa davet göndereyim. WSL ubuntu ile çalışıyordu.

https://www.slidescore.com/ bu da değerlendirilebilir

Toplantida bahsettiginiz diger linkler de burada bulunsun diye gonderiyorum: https://www.orthanc-server.com/ https://digitalslidearchive.github.io/digital_slide_archive/

https://youtu.be/umf29mW-EHY

https://www.hist.ai/ https://www.hist.ai/video/video.mp4

https://www.youtube.com/watch?v=OKiZmk84J3E

Hedefimiz şu sisteme benzer olmalı: https://www.hist.ai/ https://www.hist.ai/video/video.mp4 Dijital patoloji görüntülerinin depolanması, sınıflanması ve metadata eklenmesi için yazılımlar.

  1. Patoloji rapor verisi:

  • Virapis’ten ICD kodlarının ve rapor içeriklerinin alınması

  • Virapis rapor içeriklerinin regex ile taranıp raporların etiketlenmesi.

  • Bizim regex ile düzenli hazırladğımız etiketleme dosyası: \filesrv_Plaza_istatistik_ozet.xlsx

  1. Görüntülerin PACS sisteminden export edilmesi

2a) Sectranın önerdiği yöntem - Biyopsi numaralarının yazıldığı özel formatta bir excel dosyası script çalıştıran klasöre eklenince ilgili dosyalar anonimleştirilmeden dışa aktarılıyor.

  • https://www.youtube.com/watch?v=qI9KRC4X7mQ

2b) Sectra SDK entegrasyonu - Sectra ile entegre bir sistem yapılırsa patoloğun sectra görüntüsü içinde tıklamasıyla görüntü ayrı bir servera aktarılabilir.

https://www.linkedin.com/posts/sectra_digitalpathology-enterpriseimaging-activity-7268243114962677760-3-Sw/?utm_source=share&utm_medium=member_desktop
https://github.com/sectra-medical/dpat_imageanalysisapi_sdk

  1. svs dosyalarından metadata çıkartılması python ile yapılabilir. Ama buradaki veriler anonimleştirmeyle silinir. svs dosyasından script ile scanner type ve resolution alınabilir.
  • https://github.com/sbalci/metadata-qupath
  1. Anonimleştirme:
  • Önerilen scriptler:
    https://gitlab.com/empaia/integration/wsi-anon
    https://github.com/luciorq/wsianon

Diğerleri: https://github.com/cornish/anonymize-slide-python3 https://github.com/pearcetm/svs-deidentifier https://github.com/eDIMESLab/MedicalImageAnonymizer

  1. Bir imagebank oluşturmak için:
  • Akademik kurumlarda yaygın kullanılan ortamlar: Önerilen: https://github.com/DigitalSlideArchive/digital_slide_archive

Diğer: https://camicroscope.org/ https://www.openmicroscopy.org/

Demo: https://demo.kitware.com/histomicstk/#collection/5bbdeb97e629140048d017ba/folder/5bbdeba3e629140048d017bb

  • Bizim denememiz: https://www.youtube.com/watch?v=OKiZmk84J3E

https://websites.fraunhofer.de/smart-sensing-insights/train-your-own-ai/